Para corregir los permisos masivamente antes de subir nuestra web/sistema a un servidor web, y evitar posibles inconvenientes de seguridad, solo se debe usar el siguiente comando:
find . -type f -exec chmod 644 {} \; && find . -type d -exec chmod 755 {} \;
Encuentra (find) todos los archivos de tipo archivo (-type f) y ejecuta sobre ellos un cambio de permisos (-exec chmod 644). Lo mismo hacer con las carpetas (-type d).
Es posible que debas ajustar el comando de acuerdo a tus necesidades (los permisos que requieras). Esta es una base.